Αρχικά ο Βασιλιάς Παύλος τον διόρισε Μεγάλο Αυλάρχη και στις 19 Ιανουαρίου του 1949 ανέλαβε τη Γενική Αρχηγία των ελληνικών ενόπλων δυνάμεων, με στόχο την οριστική επικράτηση του εθνικού στρατού έναντι του Δημοκρατικού Στρατού ΕλλάδοςΗ επιτυχής έκβαση του εμφυλίου πολέμου για τις εθνικές δυνάμεις οδήγησε τη Βουλή των Ελλήνων να ανακηρύξει με ΝΔ στις 17 Οκτωβρίου του 1949 τον Α. Παπάγο σε Στρατάρχη, τίτλος που απονεμήθηκε για πρώτη φορά σε Έλληνα στρατιωτικό