Το μυθιστόρημα "Στα μυστικά του βάλτου" εκδόθηκε πρώτη φορά, σε δύο τόμους, το 1937. Διαδραματίζεται στην τουρκοκρατούμενη Μακεδονία στις αρχές του 20ού αιώνα και ως θέμα του έχει τον Μακεδόνικο Αγώνα: τις σφοδρές συγκρούσεις Ελλήνων και Βουλγάρων, αν και δίχως την επίσημη ανάμειξη του ελληνικού στρατού, λόγω της συνθήκης που είχε υπογραφεί με τους Τούρκους. Η Δέλτα για τη συγγραφή του έργου της στηρίχτηκε σε πολύτιμα ιστορικά αρχεία, συγκέντρωσε επιστολές και φωτογραφίες, και κατέγραψε μαρτυρίες και αναμνήσεις αγωνιστών. Ήρωες του μυθιστορήματος είναι δύο σημαντικοί Μακεδονομάχοι, ο Τέλος Άγρας και ο καπετάν Νικηφόρος, οι οποίοι αγωνίζονται με ηρωισμό και αυτοθυσία στους βάλτους του Βορρά. Στη δύσκολη εθνική προσπάθεια τους, πολύτιμους συμμάχους έχουν και δύο παιδιά: τον Αποστόλη και τον Γιοβάν. Η Πηνελόπη Δέλτα, με τη γνωστή αφηγηματική μαεστρία της, αποκαλύπτει άγνωστες πτυχές του Μακεδονικού Αγώνα, ζωντανεύει το κλίμα της εποχής, ψυχογραφεί γλαφυρά τους αγωνιστές και γράφει ένα από τα καλύτερα ελληνικά ιστορικά μυθιστορήματα του 20ού αιώνα.